SEPA.net wickelt Ihre Zahlungen online über das Lastschrift-Verfahren ab. Käufer bezahlen bei SEPA.net nur mit ihrer E-Mail-Adresse und ihrer Bankverbindung, ganz ohne Registrierung. Jede Zahlung wird abschließend mit einer Sicherheits-TAN (Transaktionsnummer) autorisiert, die der Käufer per SMS erhält, ähnlich wie beim Online-Banking. Während des gesamten Bezahlvorgangs verbleiben die Käufer auf der Webseite des Anbieters und werden nicht auf eine Extra-Seite des Zahlungsanbieters umgeleitet.